Allo stato attuale delle cose purtroppo non si possono unire ricerche, sottolineature e segnalibri di due file diversi di backup, nel momento del ripristino ogni file sovrascrive il precedente.
La cosa più utile che si possa fare è stabilire da quale dei due dispositivi partire per avere un file di backup da sincronizzare a intervalli regolari sul secondo. Certo puoi anche metterti manualmente a ricreare tutte le ricerche e sottolineature ma è un lavoro molto lungo. Potrebbe aiutare lavorare con due applicazioni JW Library avviate, una sul sistema host e un'altra in macchina virtuale per copiare/incollare la maggior parte delle ricerche...ma ripeto è un lavoro molto lungo